SUEKin tarkoituksena on yhteistyössä liikuntajärjestöjen ja muiden urheilun työtä edistävien organisaatioiden kanssa, kansalliset ja kansainväliset sopimukset huomioon ottaen, edistää urheilun eettistä toimintaa sekä vastata omalta osaltaan dopingvalvonnasta sekä kilpailumanipuloinnin torjunnasta ja katsomoturvallisuuden edistämisestä Suomessa.
Jäsenet
SUEK on yleishyödyllinen yhteisö, joka saa rahoituksensa pääosin opetus- ja kulttuuriministeriöltä veikkausvoittovaroista. SUEKin jäseniä ovat Suomen Olympiakomitea ry, Suomen Paralympiakomitea ry, Suomen Urheilulääkäriyhdistys – Finlands Idrottsläkareförening ry ja Suomen valtio, jota edustaa opetus- ja kulttuuriministeriö.
Yhdistyksen kokoukset
Yhdistyksen jäsenet käyttävät päätösvaltaa yhdistyksen kokouksessa. Yhdistyksen kokoukset pidetään vuosittain hallituksen määräämänä päivänä, kevätkokous huhti-toukokuussa ja syyskokous marras-joulukuussa. Yhdistyksen kokoukset päättävät mm. yhdistyksen säännöistä, toimintasuunnitelmasta ja talousarviosta.
Hallitus
Hallitus hoitaa yhdistyksen asioita. Hallituksessa on syyskokouksen valitsema puheenjohtaja ja kuudesta seitsemään muuta varsinaista jäsentä sekä kaksi varajäsentä, joilla on aina hallituksen kokouksissa puhe- ja läsnäolo-oikeus.
Antidopingasioiden kurinpitolautakunta
Antidopingasioiden kurinpitolautakunta on riippumaton elin, joka käsittelee ja päättää, onko antidopingsäännöstön soveltamispiiriin kuuluvan urheilijan tai muun henkilön menettelyä tai toimintaa pidettävä säännöstössä tarkoitettuna dopingrikkomuksena. Antidopingasioiden kurinpitolautakunnan nimittää SUEKin vuosikokous. Kurinpitolautakunnassa on yhdeksän huippu-urheiluun perehtynyttä jäsentä ja kaksi varajäsentä
Erivapauslautakunta
SUEKin Erivapauslautakunta voi urheilijan kirjallisesta hakemuksesta myöntää määräaikaisen erivapauden urheilussa kielletyn aineen ja/tai menetelmän käyttämiseen WADAn vahvistaman Kansainvälisen erivapausstandardin mukaisesti. SUEKin hallituksen nimittämässä erivapauslautakunnassa on neljä lääkärijäsentä. Jäseniä sitoo salassapitovelvollisuus.
Toimisto
SUEKin operatiivisesta toiminnasta vastaa toimisto, jota pääsihteeri johtaa hallituksen antamien ohjeiden ja määräysten mukaisesti. Toimistossa työskentelee 15 henkilöä.