FCEI:s syfte är att i samarbete med motionsorganisationer och andra organisationer som främjar verksamheten inom idrott, med beaktande av nationella och internationella avtal, främja etisk verksamhet inom idrott och för sin egen del svarar för dopingövervakning samt förhindrande av tävlingsmanipulation och läktarvåld i Finland.
Medlemmar
FCEI är en allmännyttig sammanslutning som i huvudsak får sin finansiering genom tipsvinstmedel som undervisnings- och kulturministeriet beviljar. Medlemmar av FCEI är Finlands Olympiska Kommitté rf, Finlands Paralympiska Kommitté rf, Finlands Idrottsläkareförening rf och finska staten, som företräds av undervisnings- och kulturministeriet.
Föreningens möten
Föreningens medlemmar utövar beslutanderätt vid föreningens möte. Föreningens möten hålls årligen på ett datum som bestäms av styrelsen, vårmötet i april–maj och höstmötet i november–december. Föreningens möten beslutar bland annat om föreningens regler, verksamhetsplan och budget.
Styrelse
Styrelsen sköter samfundets ärenden. Styrelsen har en ordförande som valts av höstmötet och sex till sju andra ordinarie medlemmar samt två ersättare som alltid har rätt att yttra sig och närvara vid styrelsens möten.
Övervakningsnämnden för antidopingärenden
Övervakningsnämnden för antidopingärenden är ett oberoende organ som behandlar och beslutar huruvida en idrottare eller annan person som omfattas av antidopingreglerna har handlat på ett sätt som kan anses utgöra dopingförseelse enligt antidopingregelverket. Övervakningsnämnden för antidopingärenden utses av FCEI:s årsmöte. Övervakningsnämnden består av nio personer som är insatta i toppidrott samt två suppleanter
Dispenskommittén
FCEI:s dispenskommitté kan på en idrottares skriftliga ansökan bevilja en tidsbegränsad dispens att använda en förbjuden substans och/eller metod i idrotten i enlighet med den internationella standarden för dispenser som bestyrkts av WADA. Dispenskommittén som tillsätts av FCEI:s styrelse har fem läkarmedlemmar. Medlemmar är bundna av sekretess.
Byrå
För FCEI:s operativa verksamhet ansvarar byrån som styrs av generalsekreteraren enligt styrelsens anvisningar och föreskrifter. På byrån arbetar 15 personer.