Kansallisilla antidopingtoimistoilla on vastuu antidopingohjelmien toteuttamisesta omissa maissaan. Ne tekevät suurimman osan kaikista dopingtesteistä, käsittelevät dopingrikkomukset, järjestävät koulutusta ja viestintää sekä toimivat kansainvälisesti sääntöjen ja toimintojen yhtenäistämiseksi.
Maailmassa on 145 kansallista antidopingtoimistoa. Suomessa kansallinen antidopingtoimisto on Suomen urheilun eettinen keskus SUEK ry, joka perustettiin vuonna 2001.
Kansallisten antidopingtoimistojen tehtävänä on omassa maassaan toteuttaa seuraavia asioita:
- suunnitella, koordinoida, toteuttaa ja seurata dopingvalvontaa sekä kehittää sitä
- tehdä yhteistyötä muiden kansallisten ja kansainvälisten antidopingorganisaatioiden ja viranomaisten kanssa
- edistää testausyhteistyötä eri kansallisten antidopingorganisaatioiden kanssa
- suunnitella, toteuttaa ja arvioida antidopingviestintää ja koulutusohjelmia
- edistää antidopingtutkimusta
- tutkia perusteellisesti kaikki toimivaltaansa kuuluvat dopingrikkomukset sekä selvittää, onko dopingrikkomuksessa ollut osallisena urheilijan tukihenkilö tai muita henkilöitä, sekä varmistaa asianmukaisten seuraamusten toimeenpano
- selvittää erityisesti tapaukset, joissa dopingrikkomuksen on tehnyt alaikäinen urheilija tai joissa tukihenkilön urheilijoista enemmän kuin yksi on syyllistynyt dopingrikkomukseen
- tehdä täysimittaista yhteistyötä WADAn kanssa sen suorittaessa Maailman antidopingsäännöstön mukaisia tutkimuksia
- vaikuttaa urheilijan tai urheilijan tukihenkilön rahoituksen lopettamiseen kokonaan tai osittain dopingrikkomuksesta johtuneen urheilun toimintakiellon ajaksi.