Yliopistot ovat tärkeä SUEKin tutkimustoiminnan yhteistyökumppani. Yhteistyötä tehdään eri yliopistojen tutkijoiden ja opiskelijoiden kanssa esimerkiksi tutkimushankkeiden ja vierailuluentojen merkeissä.
SUEKin tutkimushankkeissa on mukana eri yliopistojen tutkijoita tuomassa omaa monitieteistä erityisasiantuntijuuttaan ja osaamistaan urheilun eettisten aiheiden tutkimuksiin.
Yhteistyö kattaa tutkimustoiminnan lisäksi myös luennointivierailuja, pro gradu -aiheiden ideointeja sekä harjoittelupaikan tarjoamisen.
SUEK on mukana Jyväskylän yliopiston Terveyden edistämisen tutkimuskeskuksen johtamassa Lasten ja nuorten liikuntakäyttäytyminen Suomessa (LIITU) -tutkimuksessa. SUEKin tutkimusosuudessa LIITU-tutkimuksen tuloksia vuosien 2018 ja 2020 raporteissa tarkastellaan lasten ja nuorten näkemyksiä kilpaurheilun eettisistä asioista, jotka koskevat sääntöjen noudattamista, dopingia, toisten vahingoittamista ja urheilukatsomoiden turvallisuutta.