Universiteten är en viktig samarbetspartner för FCEI:s forskningsverksamhet. Samarbetet genomförs med forskare och studerande från olika universitet, till exempel genom forskningsprojekt och gästföreläsningar.
I FCEI:s forskningsprojekt deltar forskare från olika universitet som tar sin egen tvärvetenskapliga expertis och kompetens till forskning av idrottsetiska frågor.
Utöver forskningsverksamheten omfattar samarbetet även föreläsningsbesök, utveckling av avhandlingsämnen samt erbjudanden om praktikplatser.
FCEI deltar i studien Barn och ungdomars motions- och idrottsvanor i Finland (LIITU) som leds av Jyväskylä universitets Terveyden edistämisen tutkimuskeskus. I FCEI:s forskningsdel LIITU-tutkimuksen tuloksia (Resultaten från LIITU-studien), i rapporterna för år 2018 och 2020, granskas barn och ungdomars åsikter om etiska frågor inom tävlingsidrotten, som gäller bland annat regelefterlevnad, doping, skada på andra och läktarsäkerhet.